Orijinal ve peptidler arasındaki bağlantı yoluyla iki veya daha fazla amino asidin birleşimini temsil ederler. Ürünlerde ve proteinlerde bu bağlar, peptit bağları ile ilgilidir ve karboksil grubunun, bir su molekülünün ortadan kaldırılmasıyla diğerinin amino grubu ile reaksiyonunun sonucudur.
Peptid bağı (CO-NH-), genellikle tek bir bağ olarak temsil edilir. Olmadan , ancak, bu yaklaşık bir çift bağ olduğu bir dizi özelliği vardır. Nitrojen, oksijenden daha az elektronegatif olduğundan, CO bağı% 60 çift bağ karakterine sahipken, CN bağı% 40'tır. Bu nedenle, peptit bağının CO ve NC bağları, tek bağ ile çift bağ arasında ara özelliklere sahiptir. Aslında, CO ve CN bağlarında ölçülen atomlar arası mesafeler, tekli bağlantılar ile çift bağ arasındaki aracıdır. Bu atomik düzenleme rezonans ile stabilize edilir, böylece peptit bağının oluşumunda yer alan altı atom aynı düzlemde yer alır.
Rezonansın bir diğer önemli sonucu, peptit bağının polaritesini arttırması ve bir dipol momenti oluşturmasıdır (yukarıdaki tabloda sağdaki şekil). Bu nedenle, her bir peptit bağı iki hidrojen bağına katılabilir. Bunlardan birinde -NH- grubu bir hidrojen vericisi, diğerinde -CO- grubu bir hidrojen reseptörü olarak işlev görür. Bu özellik, daha sonra göreceğimiz gibi, proteinlerin üç boyutlu katlanmasına önemli ölçüde katkıda bulunur.
Kısmi doğası çift bağın peptid bağının C ve N atomları katılır bağı serbest dönüşünü önler. Çift bağın bu sertliği, peptidlerin konformasyonel olasılıklarını sınırlar. Olası iki yapılandırma vardır:
- Cis yapılandırması: iki Ca, çift bağın aynı tarafındadır.
- Trans konfigürasyonu: iki Ca, çift bağın farklı bir tarafındadır.
Genel olarak peptit bağının tek bir bağ olarak temsil edildiğine dikkat edilmelidir. Her durumda, onu bir çift bağa yaklaştıran birkaç özelliği vardır. Bu nedenle uzmanlar genellikle bir peptit bağının, onu tek bir bağ ile çift bağın ortasına yerleştiren özelliklere sahip olduğunu belirtir.
